C’est dans le nord du pays que se trouve le mont Moussa Ali, qui culmine à 2020 mètres.
Le long du golfe de tadjourah, une importance chaîne de montagnes comprend le massif du Goda (1750m) avec la forêt primaire du Day et le massif des Mablas (1380m), qui sont les seules parties du pays ayant une couverture végétale permanente.
Au nord d’Obock, bordée de bancs madréporiques, la côte est basse, sablonneuse, et se continue par une vaste plaine quasi-désertique : c’est la rive ouest du détroit de Bab-el-Mandeb, ou porte des lamentations, jonction de la Mer Rouge et de l’Océan Indien.
Le Goubet-Al-Kharab, grande baie qui communique avec la mer par un goulet de 750 mètres de large au milieu duquel se dresse un petit îlot, est bordé par des falaises à l’aspect sévère.
Le Sud du pays est formé d’une série de dépression parallèles, séparées par des plateaux tabulaires, donnant naissance à des plaines régulières qui favorisent la nomadisation : plaine de Hanlé, la plus vaste (35 km de long sur 20 km de large), plus au sud, plaine de Gobaad à l’est de Dikhil et plaine de Gagadé, située dans une dépression parallèle à celle du Hanlé, mais plus à l’est.
Enfin, tout à fait à l’ouest de cette région, se trouve le célèbre lac Abbé aux alignements de cheminées calcaires et où l’on rencontre de très nombreux flamants roses.